A principal limitação é a falta de capacidade generalizada: a despeito das muitas conquistas, as organizações envolvidas nesses processo enfrentaram vários desafios. Especialmente no início, a CIARH dispunha de pouquíssimos recursos humanos, devido à utilização das capacidades para atender a outras importantes obrigações. Além disso, a CIARH não tinha nenhum acesso à comunidade de doadores, embora a Handicap International cobrisse ao menos as necessidades financeiras da CIARH. Isto contribuiu para a ambivalência do papel da Handicap International como ONG internacional: sendo uma organização estrangeira, a Handicap International tinha condições de influenciar e impulsionar o processo, mas, ao mesmo tempo, desejava deixar a responsabilidade das atividades a cargo da CIARH. Infelizmente, os membros da CIARH são, em sua maioria, prestadores de serviço, com apenas poucas OPDs, e isto veio a somar-se às dificuldades e problemas relativos à legitimidade e credibilidade das duas organizações dentro do movimento da deficiência hondurenho. Além disso, em alguns pontos, por exemplo, questões orçamentárias, tanto a Handicap International como a CIARH careciam de conhecimentos técnicos e não sabiam dar respostas satisfatórias. As limitações em termos de capacidade e conhecimentos são também um problema central no tocante ao sistema de monitoramento e avaliação do processo de implementação, que em Honduras é geralmente fraco. A par da falta de capacidade, a falta de análise coletiva do problema entre as redes da deficiência, a falta de prioridades e a debilidade do sistema de comunicação e respostas entre os representantes do PRS e os órgãos coordenadores para assuntos de deficiência fizeram com que o processo PRS hondurenho estacionasse. As organizações de iniciativa de cidadãos não estão cobrando resultados do processo, não tem havido seguimento sistemático nem uma inclusão sistemática da deficiência a nível político. As mais diversas pessoas participam das reuniões setoriais - burocratas e ministros, de um lado, e representantes da sociedade civil, do outro lado. Não são todos os participantes que conseguem acompanhar as discussões e compreender os documentos quanto às questões orçamentárias e macroeconômicas ou participar ativamente nos processos decisórios; as pessoas com deficiência, além disso, enfrentam dificuldades especiais. Por esta razão, algumas (I)ONGs e doadores criaram um programa de apoio à sociedade civil, com cursos de treinamento específicos. Algumas OPDs requereram verbas do programa de apoio, mas não há uma proposta unificado no sentido de capacitar pessoas com deficiência para entender melhor o processo PRS. Os requerimentos continuam a ser projetos isolados.

Como a CIARH não foi convidada para uma discussão sobre o APR em 2003, a organização redigiu um documento de posicionamento sobre o relatório. Como resultado, foram incorporados alguns dos seus argumentos. Naturalmente, nem todas as promessas foram realizadas, e no APR de 2004, os membros da sociedade civil continuavam reivindicando uma maior participação de pessoas com deficiência e solicitando programas específicos, em contraste com medidas assistenciais.